“He’s acting unusual.” Biologist about the features of coronavirus

Sonya Pekova – Czech molecular geneticist and virologist, head of a private laboratory Tilia laboratorieswho diagnosed one of the first cases of coronavirus in her country. Moreover, she discovered the disease in people who were not in the “countries of risk” and did not communicate with those who returned from there. This finding forced the Czech government to change the analysis policy and start testing in state laboratories not only those who came from countries with a large number of patients and their social circle. Perhaps because of this, the epidemic in the Czech Republic is now developing more slowly than in most other countries.

In mid-March, Sonya Pekova developed a new, as she claims, more accurate and cheaper test protocol for SARS-CoV-2 and offers it free of charge to all interested medical institutions. It is already used by the Czech Academy of Sciences and laboratories in many countries of the world.

Last Sunday, Radio Liberty correspondent interviewed Sonya Pekova. On Monday, when the text of the conversation was still in the editorial office, on some Internet sites that are associated with Russian propaganda influence, information appeared that Pekova was talking to a Slovak television channel TA3 allegedly stated that SARS-CoV-2 invented in a laboratory in the USA and the American government is trying to hide it, forcing American scientists to lie about the virus. In the conversation that these sites link to, Pekova says nothing of the kind.

We had to postpone the publication and contact Ms. Pekova again to clarify the situation. Here is her answer:

“I never, under any circumstances and for any reason, said or wrote that the origin and spread of the virus has at least some, even the smallest, relation to the USA. Also, I never said anywhere that the USA in a way they try to conceal, censor or distort data about this virus. I haven’t mentioned the United States in connection with the SARS-CoV-2 virus. “

Moreover, according to Pekova, it cannot be ruled out that this virus is of artificial origin. About why this virus is not like other coronaviruses, how its testing technique differs from others, how we can live during a pandemic, read in her interview with Radio Liberty correspondent.

– What types of tests for coronavirus exist and how do they differ?

– There are two fundamentally different types of tests. One, PCR (uses polymerase chain reaction. – RS), is based on the direct detection of virus RNA, and this is exactly the test that should be used when testing the population to find carriers of the virus and stop the epidemic. Another type of test is based on the search for antibodies to the virus, it is used when a person is already recovering, or at least the disease has already begun.

– Now regularly there are news about new tests that show the result in 5 minutes, in 20 minutes, in half an hour. Are these antibody tests?

– These are the so-called rapid tests, and they are based on the search for antibodies. Unfortunately, they are not suitable for the diagnosis of asymptomatic patients and those who could become infected only recently because they have not yet developed antibodies to the virus. An express test can be falsely negative until antibodies appear in the body. Its effectiveness also depends on the state of the person’s immune system and how it copes with the production of antibodies. If the patient undergoes some forms of immunotherapy or if he simply has weakened immunity, then the test may be ineffective. Rapid tests can be a cheap and good way to detect infection, but they measure the body’s response to an already developed disease, are not suitable for early diagnosis and for diagnosing people who do not get sick themselves, but are carriers of infection.

– What approximately day after infection can I use express tests?

– The serological window (the period from infection to the appearance of antibodies) can last different times, and for this virus we still do not know it for sure, moreover, it depends on the state of immunity of a particular person. So the period in which rapid tests do not show anything can last 2 or even 3 weeks. Maybe a week. But in any case, this is not hours, but days or weeks.

– Do you use an antibody test or PCR in your laboratory?

– We use PCR, a test based on evidence of the presence of virus RNA in biological material.

– How long do you need to wait for its results?

For the analysis of one patient about 4-5 hours. Work with the test is carried out in several stages. But when you have to process 100 tests at the same time, it takes longer, respectively, and we report the result the next day.

– The protocol that you invented gives faster results than standard PCR?

No, since it is based on a standard protocol, it does not differ from it in time. But it is more accurate and requires less reagents and loads less equipment. According to CDC protocol (US Center for Disease Control and Prevention. – MS)To identify a virus, you need to find three different segments of its code. We redesigned the protocol, now it is aimed at another part of the virus code, identification is enough to find only one segment. So instead of three tubes, one is enough for me, instead of three positions in the analyzer, one is enough for me, and instead of three doses of reagents, one is enough for me. I save reagents, I save slots in the analyzer and therefore I can process more tests at the same time. That is, I can put in the analyzer tests three times as many patients than before.

– What do you think about pooling (analysis of tests from several people at the same time), which is recommended, for example, by Israeli doctors?

– Pooling is an excellent method widely used in medicine. It is used, for example, in transfusiology, where blood is tested for transfusion for the presence of different viruses, so this is not a new method at all. We use it, we simultaneously test samples for up to 10 patients. At the beginning of the epidemic, when many tests are negative, it saves a lot of time and reagents. So I warmly recommend that all laboratories do pooling, because part of these pools will be negative and all of these patients can be immediately excluded, and only patients with positive results will return to patients.

– Why are you testing for a different segment of the genocode than the CDC? How is this segment different and why is it so important?

– Apparently, the virus SARS-CoV-2 great ability to mutate. This is indicated by confirmed cases of re-infection of already ill people. With a mutation, portions of the genome can also change, the detection of which the initial test is aimed at. And our test is aimed at a part of the genome that is not susceptible to mutations. At least, from the extensive experience that we have with other viruses, we have not encountered so that this section of the virus can seriously change. Therefore, the probability of false negative results due to changes in the genetic code is much less. Hopefully our test will be stable no matter how the virus mutates.

Sonya Pekova

Sonya Pekova

– Frequent mutations of the virus complicate the creation of an effective vaccine?

If I become infected with a virus in, so to say, a blue coat and recover, because I will develop immunity to it, and then this virus comes to me in a red coat, my body will take it for another virus

– Unfortunately, with regard to the vaccine, this is really bad news. It depends on which epitope, that is, which protein of this virus, people who are developing the vaccine have chosen as their target. But due to the way the virus changes its, so to speak, cloak, coat, this protein can change, and the vaccine will cease to be effective. What may happen to the flu now is when the strain that appears this year is slightly different from the strain of last year. It seems that the new coronavirus mutates quite quickly. What is currently being developed may turn out to be ineffective after some time.

– It turns out that there will also be no “herd immunity”? Can I get sick, recover and get sick again?

– Yes, that is right. The virus mutates and changes its “cloak”. If I become infected with a virus in a blue coat, so to speak, and recover, because I will develop immunity to it, and then this virus comes to me in a red coat, my body will take it for another virus and will have to develop immunity to it. Apparently, this is one of the most unpleasant properties of this virus.

– How is this virus different from “ordinary” coronaviruses that cause only a cold?

– I think, first of all, by the untranslated regulatory area (part of the genetic code that is not directly responsible for protein synthesis. – RS). It contains sequences of genes that are very different from sequences in the regulatory region of a coronavirus that lives on bats, despite the fact that the “body” of the virus and its structural genes are the same as in the virus of bats. In this new human virus, the regulatory region seems to be slightly changed, which may be due to its very high ability to reproduce, which we observe. Because it reproduces so quickly, it is so contagious. This is also probably due to its high ability to mutate – strains that we have not seen before appear very quickly. To divide and produce virions, RNA viruses need an enzyme called RNA-dependent RNA polymerase, which does not have a “check for errors”: it does not pay attention to making incorrect copies. And the faster the virus multiplies, the greater the likelihood of errors in copies. Because of this, we see mutations in structural genes. I think that the regulatory region of this coronavirus causes it to multiply very quickly, which we do not see with ordinary coronaviruses. Perhaps because of this, this virus, unlike ordinary coronaviruses, not only causes us inconvenience, but also causes serious harm.

– A couple of weeks ago, you said: it is possible that this virus may be of artificial origin. Indian scientists at the very beginning of the epidemic said the same thing. But a few days ago an article was published by American scientists, which claims that the artificial origin of this virus is completely excluded. Have you read this article? Did she convince you?

– This article was published in a very reputable magazine. Nature medicine. She is undoubtedly very well and carefully written. However, it is entirely devoted to the structural genes of this virus and does not mention in a word its regulatory region. Indian scientists, by the way, found structures similar to the structures of HIV, just in the structural part of the virus – as far as this is true, I will not take it for you. But be that as it may, the article in Nature medicine does not consider the regulatory region of this coronavirus at all, but it seems to me that the change in the genocode of this virus is located in this regulatory region.

– So you still think that this virus may be of artificial origin?

– I believe that this cannot be ruled out. He behaves very unusual. There are a finite number of viruses that infect humans in the world. We can usually guess by the symptoms of the disease which virus causes it. Of course, not 100%, but we can say: if the symptoms look like this, then this is most likely some kind of flu virus, when diarrhea is another type of virus, when a rash is we are looking for herpes viruses. Therefore, when we know that the disease is caused by a coronavirus, it will have a certain course. But this coronavirus has a completely different picture, it is as if a new type of disease.

The virus that first entered the cell “closes the door” and says to others: “It’s already taken here, it’s impossible here”

When the clinical picture of a virus is so different from other viruses of the same type, it is at least strange. As for its gene code – I devoted many years to molecular biology and genetics, was engaged in cloning and used different parts of viruses for genetic engineering – this is a very common practice. When I saw this sequence (in the regulatory area), it immediately seemed to me that it was not very similar to the natural one. If we were only talking about structural genes, I would not think that something is wrong with this virus. But you need to look at the whole genome, not excluding other parts from consideration, and perhaps there we will find the answer. But this is just my opinion, it is necessary that as many people as possible analyze this virus. That test, the protocol of which we propose, is aimed specifically at this regulatory area. Let those involved in the tests look at her and tell them what they think about her.

– Does this virus behave neither like regular coronaviruses, nor like SARS?

– He certainly looks more like Sarsthan regular coronaviruses, because regular coronaviruses will cause you a runny nose or a sore throat that you are like for several days and will recover. To this virus SARS-CoV-2, this is not at all like that. Sars stayed with us for a year and disappeared. This virus, due to its great mutagenicity, I’m afraid will stay with us for a long time.

“What shall we do with this?” What are the most promising ways to deal with it?

– Those who are currently developing a vaccine will probably try to make it work against as many known variants of this virus as possible. If we manage to vaccinate the population widely and destroy most of its options, maybe we will win. But if, as I suppose, the problem lies in the regulatory region, then the virus can be defeated by cutting down this regulatory region. If we disable it, the virus will die. So, perhaps in the end we will have to resort to gene therapy, some kind of DNA vaccines, or something like that – molecular, not immunological.

Sonya Pekova

Sonya Pekova

– Do such vaccines already exist?

– So far, they are only experimenting with them. This is a completely new thing, but perhaps this virus will cause the rapid development of this area of ​​medicine.

– What do you think of the theory that over time, as a result of mutations, this virus will become less dangerous and in the end, perhaps even turn into the same harmless virus as those coronaviruses that cause our common cold and runny nose?

– It would be great, but since it has a high mutational potential, some mutations may be less dangerous, but others, on the contrary, are more biologically active. Perhaps the development in any direction. Of course, I would most like him to die and disappear.

– I saw the hypothesis that, since we isolate the most severe cases, the viruses that cause them cannot spread further, but those that cause the disease with mild symptoms or even go unnoticed spread.

– Yes, with less dangerous mutations, the body may be able to coexist, they will enter the pool of ordinary colds, and some strains will stay with us forever. But it would be great if we could even defeat these strains and this virus completely disappeared.

– Why is this virus almost not harmful to children?

It seems to many that coronavirus is some kind of deadly disease. Don’t think so

– I have a theory about this. I don’t know if it is true or not, but it seems logical to me. There is a phenomenon that in virology is called the exception of superinfection. When a cell is infected with a virus of a certain group, and this virus is relatively harmless to the body, more dangerous viruses from the same group can no longer enter this cell. The virus that got there first “closes the doors” of the cell and tells others: “It’s already taken here, it’s impossible here.” Therefore, if some harmless cold-causing coronavirus enters the cell, which in children is always full of airways – therefore, children always have snot flowing, – SARS-CoV-2 she will not even be scratched, so to speak, because she is busy. I think this could be true, because not a single case of severe development of the disease in young children and not a single death has been described. At the same time, children are constantly sick, so this is hardly caused by any of their special immunity. This phenomenon, the exclusion of superinfection, is described, for example, in low pathogenic arenaviruses. This is very rare, but perhaps in this case we see it.

– There was news about the first deceased child younger than a year in whom a coronavirus was detected. IN THE USA. True, it is not yet clear whether the coronavirus had anything to do with the death of this child, or whether he died for a completely different reason.

– It will be necessary to see, but even then it would be the first case, despite the fact that there are a lot of children in the world. Children have some kind of super-effective protection, and this is definitely not their immunity, because their immunity is only being built and they are constantly sick.

– The American epidemiologist Ralph Beyrick suggested: it is possible that all coronaviruses, including common colds, can be fatal for an adult if they become infected for the first time. But since we all suffer from them in early childhood, we develop immunity, and in adulthood the disease is already very mild. Что вы об этом думаете?

– Может быть. Но мы знаем, что вирусы, живущие на слизистых и не попадающие в кровь, к которым относятся и обычные коронавирусы, инфицируют верхние дыхательные пути или кишечник, как у людей, так и у животных. Антитела к этим вирусам вырабатываются в крови: увеличивается количество B-лимфоцитов, которые производят антитела. Когда мы имеем дело с вирусом, который живёт на слизистых, это антитела IgA, и этот иммунитет слизистых является очень слабым. Существование B-лимфоцитов, которые бы много лет помнили свою встречу с коронавирусом слизистых, кажется мне малоправдоподобным. Обычные коронавирусы не вызывают действительно сильный иммунный ответ, потому что, во-первых, они мало иммуногенны, а во-вторых, живут на слизистых. Когда вирус распространяется в крови, B-лимфоциты сталкиваются с ним напрямую. А на слизистых вирус находится от них далеко. Поэтому против таких болезней нам все время требуются повторные прививки.

– Что в нынешней ситуации должны делать правительства?

– Поскольку это совершенно новая болезнь, о которой мы не знаем фактически ничего, то надо в первую очередь тестировать, чтобы понять, где этот вирус появляется и как он распространяется. Нужно понять, как он работает. Я вижу, что есть существенная доля людей, у которых очень большая концентрация вируса в верхних дыхательных путях и при этом никаких симптомов. Это прекрасная новость. Многим сейчас, под валом плохих новостей, кажется, что коронавирус – это какая-то смертельная болезнь. Не надо так думать, нужно, чтобы люди знали, что многие люди с положительным диагнозом легко переносят заражение и у них есть только слабые симптомы болезни или даже вообще никаких. Надо собирать как можно больше данных, всё очень быстро меняется прямо у нас на глазах. Например, вначале мы вообще не предполагали, что этот вирус сможет мутировать, а теперь видим, что может. Мы всё время узнаём о нём что-то новое. Мне кажется очень важным, что чешское правительство позволило проводить тесты на коронавирус максимуму лабораторий, которые способны это делать. Поначалу тестирующих лабораторий было мало, и если бы так оно и осталось, это стало бы большой ошибкой. Спасибо правительству за то, что теперь оно разрешило нам тестировать и собирать данные, потому что эти данные крайне важны.

– Правильно ли вводить карантин или, как говорят некоторые, это лишнее?

Изолировать очаги распространения вируса – лучший шанс его победить

– Карантин, разумеется, не лишний. Он служит для того, чтобы ограничить распространение вируса среди населения. Но это должно идти нога в ногу со способностью эффективно тестировать, чтобы мы не пропускали людей, у которых нет симптомов, но при этом они распространяют вирус. В самом начале карантин состоял только в том, что изолировали пациентов с клиническими признаками: одышка, боли в груди, жар, и тех, с кем они общались. Но оказалось, что и у некоторых людей без симптомов есть вирус, так что приходится вводить карантин для всех. Карантин – одна из самых эффективных существующих мер борьбы с эпидемиями. Изолировать очаги распространения вируса – лучший шанс его победить. Замечательно, что вводят карантинные меры, хотя со временем их нужно менять и, возможно, ослаблять. Например, нет смысла держать в карантине неинфицированных, но их можно выявить только с помощью тестирования. Как говорит глава ВОЗ, тестировать, тестировать и тестировать. Другой дороги нет. Чтобы можно было отпустить здоровых людей работать, потому что государство не может долго существовать, когда все сидят дома и не работают.

– Как должны вести себя обычные люди? Нужно ли им носить маски? Одноразовые перчатки?

– Маски носить, несомненно, нужно хотя бы из заботы о других. Когда мы говорим, из нас вылетают крошечные капельки, и если мы заражены, то каждая такая капля покрыта множеством вирусов. Если я в маске, то она задержит по крайней мере самые большие из этих капелек. При личном контакте маска абсолютно необходима, чтобы человек случайно не заразил тех, с кем он общается. Что касается респираторов, то они должны быть у тех, кто находится на первой линии опасности: врачи, пожарные, полицейские, люди, которые работают в магазинах на кассах, – те, без кого общество просто не сможет функционировать. Более надежные средства защиты должны быть у них. Но обычные люди не должны выходить на улицу без маски, чтобы не подвергать риску других.

– Платки, шарфы, баффы годятся вместо маски?

– Это лучше, чем ничего. Годится всё, что останавливает хотя бы самые большие капельки, которые вылетают у нас изо рта при разговоре.

– Как себя вести человеку, когда ему нужно дотронуться до чего-нибудь в общественном месте? Кнопки лифта, дверной ручки, чего-нибудь в магазине?

– Как обычно. Только не хватать руками такие вещи, как, например, хлеб без упаковки. А когда вернётесь домой, тщательно вымыть руки мылом или дезинфицирующим средством – и нормально. Не нужно паниковать и терять голову.

– Говорят, что люди постоянно трогают лицо: нос, губы… Это не опасно, если человек потрогает что-нибудь на улице, а потом той же рукой потрёт нос?

– Трогать лицо – распространенная вредная привычка. Нужно мысленно привязать руки к телу и не дотрагиваться до лица, потому что рот, нос и глаза – ворота для вируса. Некоторые, например, постоянно трогают лицо руками, когда читают. Не трогать!

– Некоторые советуют выделить одну руку, чтобы трогать вещи на улице или магазине, и другую, чтобы чесать, где чешется. Есть в этом смысл, или это уже чересчур?

(Смех.) Просто не надо трогать лицо. Если очень хочется что-то почесать, почешите рукавом. Нужно собраться и минимизировать ощупывание руками себя и других. По крайней мере, пока вы их не помоете.

– Какое у вас мнение по поводу споров о том, принимать или не принимать нестероидные антивоспалительные типа ибупрофена и аспирина, которые вроде бы подавляют иммунитет? И наоборот, по поводу приёма иммуностимуляторов?

– Я “лабораторная мышь”, а не клинический медик, так что я тут не специалист. Но известно, что у тех, кто умирает от этой болезни, обнаруживают фиброз лёгочной ткани. Это последствие избыточного иммунного ответа на патоген, когда тело пытается починить легкие, и в результате тонкая ткань, служащая для обмена кислородом с кровью, становится плотной и непроницаемой, после чего легкие не справляются с работой, и из-за этого начинаются проблемы с сердцем. Поэтому какая-то небольшая, осторожная иммуномодуляция могла бы быть уместной. Но у нас очень мало опыта с этой болезнью. Нам нужно постоянно собирать информацию, мы до сих пор не знаем, что помогает, а что наоборот. Но в любом случае я тут не специалист и не могу давать рекомендации. Моя специальность – молекулы, а это вопрос к иммунологам.

– А что вы думаете о гипотезе, что масштаб и скорость развития эпидемии в разных странах зависят от того, делались ли там всеобщие прививки от туберкулёза, BCG?

– Палочка Коха – внутриклеточный патоген, и поэтому, чтобы её победить, нужен клеточный иммунитет. Так что это не обязательно совсем уж ахинея. Но сейчас есть много подобных теорий, все их я не изучала, и у меня нет на этот счёт никакого обоснованного мнения.

– Насколько, по вашему мнению, сегодня в Чехии больше инфицированных, чем показывает официальная статистика?

– Наша лаборатория главным образом занимается тестированием тех, у кого нет прямых показаний к тестированию: высокой температуры, кашля и так далее, хотя мы помогаем больницам и тестируем и больных с симптомами. По нашим собственным данным получается, что среди тех, кто к нам обращается вообще без симптомов, 5% инфицированных. Официальные данные, публиковавшиеся перед тем, как началось массовое тестирование, были, вероятно, занижены, потому что тестировали только тех, у кого есть симптомы. Так что реальные числа должны быть выше. Я бы прибавила к официальным числам приблизительно 5%.

– То есть больных больше на проценты, а не, например, в 10 раз?

– Нет, не думаю, что в 10 раз.

– Зависит ли тяжесть болезни от того, каким образом человек заразился: воздушно-капельным, через дыхательные пути или контактным?

Мне кажется самым важным, чтобы люди были максимально спокойны, никто не нервничал и не метался

– Эта инфекция передаётся в основном воздушно-капельным путём, поэтому она зависит главным образом от того, сколь сильно заражен человек, который заражает вас. Если в его организме уже очень много вирусов, то он передаст через капли больше вируса вам. Но если кто-то сильно больной высморкался в платок, у него остались на руке сопли, он взялся рукой за дверную ручку, потом за неё взялись вы и этой рукой почесали нос – это тоже вполне эффективный способ заразиться.

– Можно ли ждать спада эпидемии летом, когда потеплеет?

– Не знаю. Эпидемия затронула и страны с жарким климатом, нужно посмотреть, как она будет развиваться там. В принципе респираторные инфекции действительно подвержены сезонным колебаниям, и было бы здорово, если бы летом эпидемия пошла на спад, но с этим вирусом мы столкнулись впервые, и мы не знаем, как он будет себя вести.

– Как долго, по вашему мнению, это может продлиться? К чему нам готовиться?

– Эпидемии респираторных болезней длятся не неделями, а месяцами. Обычно это 2–3 месяца. Если этот вирус будет сильно мутировать, она продолжится дольше. Увидим.

– То есть к маю это точно не закончится?

– Если бы я была предсказательницей с хрустальным шаром, я бы вам ответила точно. Возможно, в мае она ещё будет продолжаться и закончится летом. А может, этот вирус теперь будет с нами всегда.

– Вы хотите что-нибудь сказать читателям и слушателям от себя?

– Определенно хочу. Даже несмотря на то, что вирус мутирует, и это для нас не самая лучшая новость, я хочу сказать всем читателям, что коронавирус – совсем не смертный приговор. Большинство людей, зараженных этим вирусом, переносит это вполне нормально. Многие бы даже не знали, что он у них есть, если бы не тесты. Мне кажется самым важным, чтобы люди были максимально спокойны, никто не нервничал и не метался. Соблюдайте правила карантина, носите маски, чтобы случайно не заразить других, и старайтесь жить нормальной жизнью, насколько это сейчас возможно. Нам нужно это переждать, ничего другого нам не остаётся. Сохранять оптимизм, чувство юмора, и, надеюсь, летом мы из этого выберемся, и это останется только в воспоминаниях и уже никогда не повторится. Я всем этого желаю, – сказала в интервью Радио Свобода чешский вирусолог Соня Пекова.


Leave a Comment

This site uses Akismet to reduce spam. Learn how your comment data is processed.